様々な意見があるが、元内閣参事官・嘉悦大教授、高橋洋一 氏の意見、『 学術会議が政府の機関で、会員は国家公務員である以上、政府の任命に裁量があるのは当然だ。それが不満であれば、学術会議を民営化すればいい。学術会議が民営化を望まなかったのであれば任命に従うのは当然だ。その場合、政府による任命は「人事」であるので、その理由は述べないのが普通だ。そもそも人事に説明責任がないのはどんな組織でも同じだ。』が妥当と思われる。
学術会議が政府の機関である以上、人事権は政府にある。会社組織に例えれば、『なんで私が部長に選出されないの？』と不満を周囲に漏らし、かつ、何故選ばれないのか理由を示せ！と言っているようなものである。もちろん、会社は人事選考の理由を明かすはずはないし、社会通念上余程のことがないとそのことには誰も文句を言えないし、文句も言わない。すなわち、単純なん人事が行われただけのことである。
この人事問題に関して、 声高に『学問の自由が脅かされる』と叫んでいる方々がいる。しかし、日本学術会議の会員が推薦通りに選出されないと 本当に 学問の自由が失われるのであろうか？答えは『否』である。学問の自由は日本学術会議がなくとも侵されることはない。では、多数の学会や研究会が存在する中で、日本学術会議とは、何のための組織であるのだろうか？
今回の騒動は、この人事問題を通して、『日本学術会議』の存在意義も含めた在り方を問い正す良い契機と考えるべきであろうと思われる。